Il n'y a pas d'effets secondaires à proprement parler.
Le shiatsu apporte généralement relaxation et détente, cependant il peut causer des réactions temporaires telles que fatigue, maux de tête, nausées, insomnie, éruptions cutanées et autres symptômes inconfortables.
Bien que ces effets secondaires puissent sembler négatifs, ils sont en réalité des signes que le corps traverse une phase de détoxification et de réajustement.
Cet effet rebond est considéré par les japonais comme une étape nécessaire avant la guérison.